Vào đời Minh Mạng, ở các tỉnh Tuyên Quang, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng,... nhà vua đặt chức lưu quan do người Kinh nắm giữ ở bên cạnh các quan đứng đầu là người dân tộc các quan lại do triều đình cử đến.[2] Theo sử liệu thì họ thường có thói ức hiếp, tham nhũng, nên các thổ quan (trong đó có Nông Văn Vân) và người dân Bảo Lạc rất bất mãn, chỉ chờ dịp nổi lên đánh đuổi.[3]

Tháng 5 năm Quý Tỵ (1833), Lê Văn Khôi (em vợ Nông Văn Vân) vì bất mãn đã khởi binh chiếm lấy thành Phiên An ở Gia Định. Vua Minh Mạng lập tức cử quân đi đánh dẹp, đồng thời lệnh cho quan lại ở Cao Bằng truy nã vợ con và họ hàng Lê Văn Khôi đang cư ngụ ở đó. Theo sử liệu, thì viên án sát Cao Bằng là Phạm Đình Trạc liền ra lệnh bắt lấy hai con, 1 người em ruột và 14 người thân thuộc của Lê Văn Khôi. Đình Trạc lại sai đào mả ông nội (Bế Văn Sĩ) và cha đẻ (Bế Văn Kiện hay Viên) của Lê Văn Khôi rồi đốt hài cốt ra tro. Nông Văn Vân lúc bấy giờ đang làm Tri châu Bảo Lạc cũng bị truy nã vì là anh vợ Khôi.[4]

Trong tình thế ấy, Nông Văn Vân liền phát động cuộc nổi dậy. Việc làm đầu tiên của ông, là thích bốn chữ "Tỉnh quan thiên hối" (quan tỉnh thiên vị, ăn hối lộ)[5] vào mặt phái viên do tỉnh phái đến rồi đuổi về.

Ngày 2 tháng 7 (âm lịch) năm Quý Tỵ (1833),[6] Nông Văn Vân tự xưng là "Tiết chế Thượng tướng quân," lập đại bản doanh ở Vân Trung (thị trấn Bảo Lạc ngày nay)[7] thuộc châu Bảo Lạc, tập họp các thổ mục,[8], một số họ hàng của Lê Văn Khôi,[9] một số thợ mỏ người Hoa,[10] và nhân dân bị áp bức, được khoảng sáu ngàn người[11] cùng đứng lên chống Nguyễn.